Shutter キャプチャソフト for Ubuntu

Ubuntuソフトウエアセンターから、インストールできます。
使い勝手は、Ubuntu標準のスクリーンキャプチャより、機能が多くていいです。

さわってると解りますが。デュアルディスプレイをキャプチャしたり、プライマリモニタのみキャプチャしたりでします。さわって試してみてください。